一九九○年，黨中央、國務院做出決定，要加快上海浦東地區的發展和開發，在浦東實行經濟技術開發區和某些經濟特區的政策。在國家給予浦東新區的十項優惠政策中，允許在浦東新區內設立保稅區，即外高橋保稅區。
國家規定允許保稅區內外商機構為區內外商投資企業代理本企業生產用原材料、零配件進口和產品出口業務。為便于管理，保稅區進出口貨物時，海關憑貿易和生產企業簽訂的代理進口合同及其他有關單證驗放。
對從境外進口供保稅區基礎設施及生產使用的機器、設備、基建物資、生產用車輛、交通工具和辦公用品；為加工出口產品而進口的原材料、零部件、元器件、包裝物料；供儲存的轉口貨物、以及在保稅區加工運輸出境的產品免領進出口許可證，免征關稅和工商統一稅。保稅區與非保稅區之間的貨物來往，按現行國家對進出口貨物的政策規定辦理。
保稅區內生產項目應符合國家產業政策的規定，屬于國家限制、控制發展的行業與項目應經國家主管部門批準。保稅區僅設立行政管理機構及有關企業，除安全保衛人員外，其他人員不得在保稅區內居住。
保稅區與非保稅區分界線設置完善的隔離設施，進出保稅區的貨物、運輸工具和個人攜帶物品，心須由設有海關機構的出入口進出，并向海關申報，接受海關檢查。不能利用國家給予保稅區的優惠和便利條件進行走私、違規活動。
保稅區進口貨物不能認為是自由進出。因為不論是國際上建立的同類保稅區還是浦東（中國上海）外高橋保稅區都存在著一定的管理問題。第一，給予保稅區的優惠和便利措施僅限于進口運入保稅區加工的原材料、零部件以及運入保稅區轉口的貨物，而不是所有進口貨物。運往非保稅區就與一般進口貨物一樣需領取進口許可證并辦理征稅手續。第二，同家禁上進出口的貨物、物品也不得運入、運出保稅區。第三，進出口保稅區的貨物都要向海關申報并依據報關單編制進出口海關統計。
從非保稅區運入保稅區應該按照出口貨物的有關規定辦理海關手續。屬許可證管理的商品應申領出口許可證，該繳納出口關稅的就要繳稅。
保稅區進口的貨物應限于保稅區內使用，保稅區企業加工生產的產品應全部銷往國外，上述貨物和產品未經批準不得轉讓、銷售到非保稅區。批準后轉讓、銷售到非保稅區的，也要按照規定申領進口許可證并照章征稅。

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