1、物流中心貨物進入境內視同進口，按照貨物實際貿易方式和實際狀態辦理進口報關手續；貨物屬許可證件管理商品的，企業還應當向海關出具有效的許可證件；實行集中申報的進出口貨物，應當適用每次貨物進出口時海關接受申報之日實施的稅率、匯率。 
2、貨物從境內進入物流中心視同出口，辦理出口報關手續。如需繳納出口關稅的，應當按照規定納稅；屬許可證件管理商品，還應當向海關出具有效的出口許可證件。 
3、貨物從境內進入物流中心時，海關可以簽發用于辦理出口退稅的出口貨物報關單證明聯的情況： 
（1）貨物從境內進入物流中心已辦結報關手續的； 
（2）轉關出口貨物，啟運地海關在已收到物流中

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