實施績效工資是事業單位管理體制改革的重要內容，而事業單位管理體制改革的目標就是轉變政府職能，建立新型的公共事業管理體制，即建立一個在政府宏觀調控和監管下，包括政府在內的多元投資主體、多元主體承擔服務，以科教文衛體等領域的公共服務社會化、市場化為基本運作方式，中央與地方相結合、集中管理與分散管理相結合的管理系統。所以說，我國事業單位管理體制改革的基本取向就是事業單位的社會化以及運行的法制化和民主化，其基本原則是政事分開。
　　績效必須最大程度地凸顯其社會公益性。事業單位推行績效工資是整個事業單位改革的重要一環。對于不同類型、不同領域、不同收入來源的事業單位，績效工資改革絕不能是一種模式，應在分級分類管理基礎上，對事業單位的“績效”進行科學界定，一方面，其績效必須最大程度地凸顯其社會公益性，并抑制、克服其可能潛在的自利性和營利性；另一方面，績效還必須同時依循各自具體行業的內在要求，凸顯其獨特的公益價值。
　　要做好實施績效工資的基礎性工作。當制度設計本身沒有大問題時，關鍵是解決實施的過程遇到的技術性問題。為此，首先要進行崗位目標定位和崗位責任制。必須實現事業單位用人制度由“身份管理”向“崗位管理”轉變，建立起與崗位職責、實際貢獻緊密聯系和鼓勵創新、創造的分配激勵機制。其次是要科學界定相近崗位的關鍵績效指標，做到繁簡適度，抓住核心，操作便利。實行績效考核在重視效率的同時，如何著重關注提高服務質量的綜合考核，處理好公平與效率等問題，也是能否成功的關鍵。再次是建立科學合理的績效考核、考評制度和機制。缺乏激勵機制和監督約束機制，正是目前事業單位收入分配混亂的癥結。針對服務質量和效果難以量化和操作難度大的問題，績效工資的考核、考評制度和機制如何細化、如何落實值得關注。
　　要處理好個人績效與團隊績效的關系。事業單位績效工資的基本特征是薪酬收入既與個人業績掛鉤，又和團隊及組織績效相關。在保證做到事業單位所有人員都要實行績效工資的前提下，防止單位內部領導獨斷的績效考核，防止導致管理層與一線人員之間新的分配不公，扭曲績效工資改革的政策效果。在制定績效工資體系時，如有可能要讓盡可能多的群體代表參與。要解決好僅關心個人績效而忽視組織整體績效提高的傾向。
　　還要處理好公共服務與提高效益的關系。事業單位績效工資改革，局內人關注的是自身利益的得失損益，局外人關注的則是公共利益的增益。應該立足于事業單位公共服務特性，加大考核權重，避免把“教書育人”最后考核成中學狠抓升學率，大學只看論文、課題數量；把“治病救人”考核成了開“大處方”、“大檢查”。為使事業單位不再重蹈自我謀利、自我膨脹的舊路，必須處理好真正為社會提供高質量的公共服務與發揮績效工資激勵作用的關系。
　　在重視績效工資在事業單位的正面作用的同時，又要關注績效工資可能產生的負面效應，防止出現對績優者的獎勵有方，對績劣者的約束欠缺現象，防止激勵力度造成一些制造虛假業績的行為。事業單位績效工資改革要關注改革效能，為了降低改革成本和阻力，要注意不同類別事業單位改革的差異性，為下一步事業單位分類改革預留空間和接口；注意不同的資金來源渠道差異可能產生的制度化不公平和地區間績效工資的差異；注意事業單位內部不同身份人員和不同部門之間績效工資水平關系，尤其是關注退休人員和接近退休人員的權益。

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