國家醫藥管理總局的成立
1978年，國務院在總結我國醫藥管理經驗教訓的基礎上，批轉了衛生部《關于建議成立國家醫藥管理總局的報告》，正式成立了國家醫藥管理總局，由衛生部代管。將原分屬于化工、商業、衛生三個部門有關中、西藥品，醫療器械的生產、供應等的管理職能及機構人員劃歸了國家醫藥管理總局。國家醫藥管理總局是全國醫藥行業的主管部門，負責中、西藥品的生產經營管理。
1982年，國家醫藥管理總局改名為國家醫藥管理局，由衛生部代管改為國家經委領導。1988年，國家醫藥管理局改為國務院直屬局；1994年，又改為國家經貿委管理的國家局。
自國家醫藥管理總局成立后，各省、自治區、直轄市也相應地組建了省級醫藥管理局，負責轄區內的醫藥行業管理工作。
國家中醫藥管理局的成立
《藥品管理法》規定，國家發展現代藥和傳統藥。為了加強對傳統藥的管理，1988年，根據中華人民共和國國務院批準成立了國家中醫藥管理局，由衛生部歸口管理，將中藥（包括中藥材、中藥飲片、中成藥）生產經營行業管理的職能從國家醫藥管理局劃歸國家中醫藥管理局。

國家經貿委醫藥司的成立
1998年，根據國務院機構調整的部署，國家對藥品行業管理的職能進行了調整，在國家經濟貿易委員會下設醫藥司，履行政府對醫藥行業管理的職能。將原國家醫藥管理局、國家中醫藥管理局、國內貿易部藥品生產經營行業管理的職能移交給國家經貿委醫藥司。
除中央部委設立專門機構進行藥品的行業管理外，在省、地（市）、縣經濟貿易委員會下也設立了醫藥管理辦公室，負責轄區內醫藥行業的管理工作。

國家經貿委醫藥司的職能
國家經貿委醫藥司的主要職能是：貫徹、執行國家有關法律、法規，對所轄行業、企業生產經營方面進行經濟管理，對醫藥行業經濟運行進行宏觀調控。根據國家產業政策，制定醫藥行業發展戰略、長遠規劃，制定行業或企業的產品升級換代規劃、計劃；指導企業按國家或市場需求調整產品結構，推進技術進步，提高企業產品在國內外市場中的競爭能力；負責醫藥行業的統計、信息工作；負責藥品、藥械儲備及災情、疫情、軍需、戰備藥品及藥械的緊急調度工作；組織實施中藥，生化制藥的行業管理。

國家經貿委醫藥司的機構設置與職能分工
1．國家經貿委醫藥司的機構設置　綜合處（企、事業改革處）、規劃發展處、行業管理處、醫藥信息統計處。
2．各處的職能
⑴ 綜合處（企、事業改革處）的職能　①研究制定醫藥企業改革的政策措施；②推進國有企業改革，建立現代企業制度；③指導國有企業扭虧、解困、減員增效和實施再就業工程；④推進直屬事業單位改革，使其在3年內走向社會、進入市場、減少補貼、減員增效；⑤負責醫藥行業開辦外商投資企業的審查工作；⑥負責醫藥行業專項資金的管理；⑦負責組織制定藥品、醫療器械儲備計劃和儲備品種目錄；⑧負責災情、疫情、軍需、戰備藥品及器械的緊急調度；⑨負責中央級國家醫藥儲備資金的監督管理工作，指導省級醫藥儲備工作；⑩負責新聞宣傳工作；負責司內業務綜合工作及人事工作。
⑵ 規劃發展處的職能　①研究制定醫藥行業發展戰略、行業中長期規劃和經濟技術政策；②實施“科教興藥”戰略，制定行業科技發展規劃；③促進技術創新、技術進步和結構調整，指導產、學、研結合，引導資源合理配置；④對開辦生產、經營企業和重要的仿制產品定點進行備案審查；⑤負責制定醫藥行業利用外資政策并適時進行調整；⑥配合有關部門做好醫藥行業投資項目、對外交流、經濟技術合作及政策、法規的專業把關和協調工作。
⑶ 行業管理處的職能　①匯集、分析醫藥行業生產、經營動態，發布醫藥行業經濟技術和市場信息，負責組織制定行業管理規章；②培育發展和完善醫藥市場體系，協調工商企業生產經營重大問題，指導各種經濟成分的醫藥商品流通活動，維護行業公平競爭秩序；③指導中藥材生產；④負

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