藥品管理主要是指對醫院醫療、科研所需藥品的采購、儲存、分配、使用的管理。從管理對象來看可分為：一般醫療用藥品管理；麻醉藥品、精神藥品和毒性藥品的管理；科研用藥品，特別是研究中新藥的管理；中藥材（中藥飲片）的管理等。
醫療單位藥品管理的主要目標是：①保證醫療、科研所用藥品供應及時、準確無誤。②貫徹國家藥事法律、法規，保證所供應藥品質量好，安全有效。③符合醫療單位經濟、財政管理政策和新時期醫療衛生改革政策，注重社會效益與經濟效益結合，不以盈利為目的；貫徹減輕病人和國家負擔、醫療單位和藥房有一定經濟效益的原則。
在藥品經濟管理方面，衛生部明確規定，醫院對藥品的管理要實行“金額管理，重點統計，實耗實銷”的管理辦法。根據藥品的特點，目前一般醫療單位都對藥品實行三級管理。
1．一級管理
⑴ 范圍　麻醉藥品和毒性藥品的原料藥。
⑵ 管理辦法　處方要求單獨存放，每日清點，必須做到賬物相符，如發生藥品缺少時，要及時追查原因，并上報領導。詳見下述特殊管理品項。
2．二級管理
⑴ 范圍　精神藥品、貴重藥品及自費藥品。
⑵ 管理方法　專柜存放，專賬登記。貴重藥品要每日清點，精神藥品定期清點。
3．三級管理
⑴ 范圍　普通藥品。
⑵ 管理方法　金額管理，季度盤點，以存定銷。

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