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2014執(zhí)業(yè)藥師考試科目《西藥知識二》資料十七

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分子對接概述

分子對接的一般原理

分子對接是將已知三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的分子逐一放在靶標分子的活性位點處。通過不斷優(yōu)化受體化合物的位置、構(gòu)象、分子內(nèi)部可旋轉(zhuǎn)鍵的二面角和受體的氨基酸殘基側(cè)鏈和骨架, 尋找受體小分子化合物與靶標大分子作用的最佳構(gòu)象, 并預(yù)測其結(jié)合模式、親和力和通過打分函數(shù)挑選出接近天然構(gòu)象的與受體親和力最佳的配體的一種理論模擬分子間作用的方法。

分子對接的種類主要包括:

(1)剛體對接:指在對接過程中,研究體系(受體和配體)的構(gòu)象不發(fā)生變化。適合考察比較大的體系,如蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)間以及蛋白質(zhì)和核酸之間的對接。

(2)半柔性對接:指在對接過程中,研究體系尤其是配體的構(gòu)象允許在一定的范圍內(nèi)變化。適合處理大分子和小分子間的對接,對接過程中,小分子的構(gòu)象一般是可以變化的,但大分子是剛性的。

(3)柔性對接:指在對接過程中,研究體系的構(gòu)象基本上可以自由變化的。一般用于精確考慮分子間的識別情況。由于計算過程中體系的構(gòu)象可以變化,所以計算耗費最大。

分子對接的互補性

影響復(fù)合物分子穩(wěn)定性的主要因素是疏水作用和鍵合力大小, Audie等建立了一種新的經(jīng)驗自由能公式, 該方法能夠預(yù)測蛋白質(zhì)鍵合力大小, 準確率達到89% 。而影響鍵合力的因素有作用位點空間位的互補、靜電相互作用和氫鍵等, 且溶解熵對穩(wěn)定受體2配體復(fù)合物起著重要的作用, 所以分子對 接的過程主要包括分子間的空間互補和電學(xué)性質(zhì)互補??臻g互補是分子間發(fā)生相互作用的基礎(chǔ), 能量互補是分子間保持穩(wěn)定結(jié)合的基礎(chǔ)。

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